Stavba kostela byla zahájena v druhé polovině 14. století a již od svých počátků byla spojována s horníky, kteří se o vznik a o rozkvět středověké Kutné Hory zasloužili. Také pojmenování stavby souvisí s havíři – chrám je zasvěcený panně Barboře, křesťanské mučednici a patronce těch, kdo se živí nebezpečným povoláním, což hornictví bez pochyby je.
Monumentálnost stavby je důkazem slávy a bohatství Kutné Hory v dobách, kdy se zde těžilo stříbro a město patřilo mezi nejvýznamnější v říši a bylo finančním centrem království, jelikož se zde razil pražský groš. Velkolepé architektonické dílo ale nebylo hned tak dokončeno. V polovině 16. století těžba stagnovala, peněžních prostředků se nedostávalo a stavitelské práce musely být přerušeny. V průběhu následujících staletí pak byla provedena řada rekonstrukcí, přičemž současná podoba chrámu pochází z přelomu 19. a 20. století, kdy proběhla rozsáhlá regotizace.
Na vzhledu interiéru zanechalo svoji jedinečnou stopu vícero epoch a svůj um zde prokázalo mnoho geniálních umělců a stavitelů – v chrámových lodích se nacházejí vzácné gotické fresky a kamenická díla, dále barokní oltáře, sochy a malby a lodi hlavní vévodí renesanční kazatelna s barokním obložením. Mezi nejproslulejší stavitele a architekty, jejichž odkazy a vize jsou na výsledné podobě patrné, patří Matěj Rejsek, který věnoval velkou pozornost dekorativním prvkům, a Benedikt Ried, jenž kladl značný důraz naopak na celkové architektonické vyznění.